肠炎是草鱼最常见的疾病之一。发病的草鱼体表发黑在下风处独游，肠道发红，没有食物，充满黄色粘液和气泡肛门红肿。严重时挤压鱼体会从肛门处流出黄红色粘液。经常会有出血症状：鳃盖、眼睛有出血；肠道变红，内有黄色粘液；前肠肠道变红。

                           (细菌性肠炎病)

草鱼病毒性出血病一般分为三种类型即红肌肉型、红鳍红鳃盖型与肠炎型。

其中，肠炎型的出血病与细菌性肠炎病的症状从外观上看极其相似：肠道发炎、呈红色、肠内无食。

但是，细菌性肠炎病的肠道颜色似呈红色，而病毒性出血病的颜色较红以至鲜红，有时呈血栓状或点状、块状出血，病情重者撕开表皮可见全身肌肉呈红色，往往伴随着肛门红肿。

另外，细菌性肠炎肠壁发炎糜烂、无韧性、肠道管腔变窄，肛门外突；而病毒性出血病的肠壁发炎，但不糜烂、有韧性、肠道管腔无变窄现象。

当然，有时可能两种病同时存在。

                                  (鱼类病毒性出血病的肠壁发炎颜色较红或鲜红)

一般来说草鱼在鱼种时，容易患病毒性出血病，随着鱼体长大抗病力增强，病毒性出血病逐渐减少，而细菌性肠炎病则逐渐增多，至二龄时主要患的是细菌性肠炎病。

细菌性与病毒性肠炎的区分

草鱼病毒性的出血病有时候也会表现出肠炎的症状：肠道发红，有点状出血点，没有粘液，但是细细观察还是有所不同的。细菌性肠道剖开会发现肠道内充满黄色或者淡黄色粘液，肠壁糜烂，显微镜检查会发现粘液中红细胞少，肠道容易扯断。和病毒性肠炎对比，肠壁剪开会发现粘液很少，肠壁有时候会有出血点，肠道内有时候会有血液，刮取肠壁粘液有很多红细胞（直接出血）。这个是从诊断上辨别是细菌性还是病毒病的方法。
还有一种诊断性治疗。按照细菌病治疗，如果有效，那就是细菌性的。细菌性肠炎一般是由肠型点状气单胞菌感染引起。高温季节更容易发病。但是现在低温（20℃左右）也常常发病，虽然很少暴发，但也能造成不小的损失。低温季节发病，由于水温低，病原繁殖慢，所以潜伏期长，等发现时，已经有相当部分鱼感染病原。所以低温发病病程长，治疗过程也需要更多疗程。

肠炎病的预防和治疗

预防：内服用中药如穿心莲、大黄末等定期加工饵料预防。多喂多维、免疫多糖等增强鱼体质。外用定期消毒。由于草鱼对水质要求很高，喜欢清水。所以经常换水，施用活菌制剂保持好良好水质非常重要。
治疗：中药如穿心莲、大黄末+多维+外用消毒。
由于草鱼自然情况下吃草为主，其肠道内有复杂的微生物群帮助消化，所以预防过肠炎后，如果能用EM菌、芽孢、乳酸菌等活菌制剂拌料内服，恢复其肠道菌群，对于草鱼生长、疾病预防都非常有好处。
现在在生产上，很多时候不是单纯性肠炎，可能会集合烂鳃、赤皮、寄生虫，甚至出血病，呈现出复杂的症状，这个时候确认是不是病毒病就很关键。这个时候治疗也需要多管齐下，比如杀虫+消毒一起外用，内服消炎药和抗病毒的板蓝根之类一起用，水质调节也要跟上。
目前有一个趋势，现在经常出现治疗效果不好的情况。除了可能是多个病并发的情况外，还有就是耐药性的问题。所以建议平时预防的时候，尽量只用一种单方的抗生素来预防，同时可以集合中药比如穿心莲、大黄，大蒜素之类非抗生素的方法来预防，效果更好。如果确定是细菌性肠炎，治疗效果又不好，有条件的可以做药敏来确定用什么抗生素。
目前市面上已经有草鱼4联疫苗在售，用了后对草鱼出血病、肠炎、烂鳃、赤皮都有一定的抵抗力。所以建议尤其是养一龄草鱼的尽量疫苗防治最佳。