好的EM菌为复合菌，主要为乳酸菌群、酵母菌群、光合细菌群、放线菌群、芽孢杆菌等。很多养殖户对EM菌有过高或错误的认识，如：认为EM菌是不耗氧的、没有副作用的，就可以大量使用；用EM菌就能防病、治病；用EM菌就是生态养殖等等。

其实不是这样，养殖过程中，EM菌只在于补充有益菌群，平衡菌相，以改善养殖环境。大量或盲目的使用EM菌，一方面其载体耗氧严重，另一方面易打破水体菌相平衡，尤其是通过简单粗糙的方法生产的。使用不当反而会造成危害，如溶氧较低时使用，会造成虾蟹严重缺氧，或加重死亡。

所以使用EM菌调水时注意以下几个方面：

1、EM菌可以加快有机物分解，促进藻类繁殖，有“肥水作用”，肥水时可少量配合使用；

2、降低水体氨氮、亚硝酸等有害物质，有“净水作用”或“爽水作用”，用量较大时，可以抑制藻类(如蓝藻)的繁殖，增加水体透明度，在养殖后期，水体过浓时可以使用，但此时要注意水体中的溶氧；

3、施用EM菌的意义等于庄稼“播种”一样，因而只有在水体中缺少“种子”时效果才明显，如水清、水变或用完消毒药后的塘使用效果明显；

4、原生动物、轮虫、枝角类“红虫”等浮游动物都能摄食EM菌，这些生物数量多时不能施用EM菌，纤毛虫多时施用EM菌不当还会加快寄生虫的繁殖速度，因而发生寄生虫病时应慎用活菌制剂。