藻类水华已经产生，需要杀灭时，精准用药是基本原则。所谓精准用药，是指利用风浪作用，藻类水华聚集在下风处时，用杀藻药物将藻类水华集中杀灭。

杀藻后，达到原藻类水华聚集处水面无藻类水华、不出现水生动物因使用杀藻药物中毒或缺氧而死亡（因疾病死亡水生动物除外）、水体下风处无腥臭味的目标。

以2019年9月应急处理武汉市南湖蓝藻水华为例，说明应急处理措施及处理结果。2019年8月，武汉市南湖出现蓝藻水华，到9月初，受风浪作用，水华主要集中在南边邻近华中农业大学与水蓝郡小区之间的袋型湖面，岸边水华藻体密集堆叠，经现场考察结合天气预报，我们决定利用后续数天风向持续北风的有利条件，在下风蓝藻聚集处使用强氧化剂杀藻剂杀灭蓝藻水华。9月7日开始正式施工，采用对流冲击形成水循环的状态小范围施药，确保尽量少用药就能达到既定目标。经过3天的持续不断的杀藻施工，水华逐渐消失。

利用白鲢花鲢等滤食性鱼类的食性来净化水质很有效果，另外，利用微生物的食物源性竞争原理，根据季节因素、浮游生物学调查、水质分析等结果，通过日常定期或不定期全水域泼洒活菌制剂，也可以降低蓝藻水华产生几率和严重程度。

当藻类水华产生一段时间后，遇到环境因素突变、或者这种藻类将某些不可或缺的、特定的营养因子消耗殆尽等因素的影响，会出现短时间内集中死亡的情况。此时，水体中氧气制造者大量集中死亡演变成纯粹的耗氧物，可能在短期内导致水质急剧恶化。

随着季节的轮换，水体中占主导地位的藻类品种会发生世代交替，不断变换优势种群，这是自然规律，一般不会导致水质恶化。所以，到季节轮换之际，之前的藻类水华如未造成实质性危害，可以无需处理，由它自生自灭。

通常我们认为蓝藻水华形成后对水产养殖对象是有害的，主要是因为滤食性鱼类（如鲢、鳙等）摄入蓝藻后不能很好地消化吸收。经深入研究，活体蓝藻的代谢产物对水生动物基本没有直接的危害。

需要强调的是，包括被人们认为有益藻类在内的任何品种的藻类形成水华后，因各种原因短时间内集中大量死亡，都可能在厌氧分解时经一系列的生物化学反应产生各种有毒有害物质，比如氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等，随着这些物质不断累积、浓度持续升高，对水生动物有致死的危害。