首先要了解三毛金藻的暴发原因，对症治疗，有效的采取措施。

原因

1. 气候原因：三毛金藻喜弱光，连续多日的低温、阴雨利于三毛金藻的繁殖生长，不利于其它有益藻类的生长，从而三毛金藻在水体中形成优势种群；
2. 水质因素：低盐、弱碱性、贫营养是三毛金藻繁殖的水质因素，三毛金藻属于广盐性藻类，在高盐度的水体中，即使高温也能生长的很好；
3. 水体碱性大，pH 较高。春、秋季节水温较低，水中营养物质缺乏，为三毛金藻的繁殖创造了有利条件。

防治措施

想要从根本上消除三毛金藻的危害，只有从预防入手，可以采取以下措施：

1. 冬季和早春保持池水适当的肥度，利于有益藻类的繁殖，可以抑制三毛金藻的孳生；
2. 如果越冬前期透明度较大，可以适当补充一些硫酸铵、过磷酸钙等化肥，起到预防作用；
3. 当发现养殖对象三毛金藻刚中毒时，可以将养殖对象转移到未发病的肥水池塘中，缓解中毒症状，减少损失；
4. 立即注入水质较肥的河水或临近池塘的肥水，大量换水；
5. 全池泼洒硫酸铵，提高水中氨离子浓度，达到一定水平杀死三毛金藻，然后引进、繁殖新的藻类，培肥水质，防止三毛金藻复发；
6. 注意发生大量三毛金藻时，不能使用井水或使用生石灰等药物，以免毒素被激活。