裸藻水华颜色呈绿色、蓝绿色，颜色和蓝藻引起的水华很像，较难鉴别。

裸藻和蓝藻的判断方法：

裸藻是具有鞭毛的，有趋光性，会呈现“早清晚绿”的特点，就是早上起来，在池塘中漂浮的比较少，越到中午就越来越多地集中在水体表面，到下午阳光强烈的时候，整个池塘都布满，水面上漂浮着一层绿油油的一层油膜，还可以看到其形成的小泡沫，用手拨开后发现下面又是一片清瘦水，裸藻的粘性比较大，会沾在手上。

裸藻水华有时也会出现红褐色（俗称“铁锈水”）或者酱油色（多发生在养殖中后期和老化池塘）。裸藻对温度突变很敏感，当遇到恶劣天气或环境变化较大时，裸藻比蓝藻、绿藻等更容易突然集体死亡而发生死藻现象。下一场大雨，或许它就消失了。

蓝藻在整个水层中分布比较均匀，不会随天气变化而变化，不会起什么小泡泡，基本上打起来的水是一个颜色。显微镜下面镜检，蓝藻都是固定不动，裸藻大部分可以运动。

裸藻绝大多数生长于pH值6.5-8.5之间的水体中，而蓝藻大量繁殖时，pH值多在8.5以上。