①长期使用 微生物制剂的预防效果好于治疗效果，其作用发挥较慢，长期使用方能达到预期的效果。为使有益菌尽快与有害菌竞争形成优势种群并能持续，首次使用和换水后使用用量要充足，一般每隔15天使用一次，高温季节7～10天使用一次。

②尽早使用 通过有益菌的大量繁殖，形成优势种群，减少或阻碍病原菌的定居。

③注意用法和用量 所有的活菌如果用作水质改良全池泼洒时，与沸石粉、沙子等拌匀后撒入水中，明显提高功效，因为活菌吸附在这些载体上，随之沉入池底，然后发挥作用，而池底又是整个池塘中负荷最大、环境最差、有害物质最多的一部分，改善池底，就改善了大半个池塘环境。

芽孢杆菌、硝化细菌因是好气细菌，当养殖水体中溶解氧高时繁殖速度加快，因此泼洒的同时要尽量开动增氧机或在有风的天气使用，水质恶化、底质污染严重的池塘要加量使用。

④禁止与抗生素、消毒杀菌药或具有抗菌作用的中草药同时使用 水体使用消毒剂5天后才可使用，使用抗生素3天后才能使用。

⑤施用时注意菌体活力及菌体数量 微生物制剂必须含有一定量的活菌，一般要求含3亿个/毫升以上的活菌体，且活力强，同时注意制剂的保存期，随着保存期的延长，活菌数量逐渐减少，故保存期不宜过长，并且打开包装后尽快使用。

⑥有的微生物制剂在使用前要活化培养 活化能让微生物迅速“复活”，活菌数量成倍增加，也能使活菌迅速适应池塘水质条件。

如芽孢杆菌使用前要采用本池水加上少量的红糖或蜂蜜，浸泡4～5小时后泼洒，这样活化的芽孢杆菌繁殖速度快，提高了使用效果。

⑦注意不利因素的影响 温度、pH值不合适时会影响使用效果。如光合细菌使用时最适水温28～36℃，所以在水温20℃以上时使用效果好，阴雨天勿用。

酸性水体不利于光合细菌的生长，应先使用生石灰，间隔3～4天pH值调好后使用较好。

硝化细菌在pH值低于7或高于8.5的水体中繁殖速度会受到一定的影响，其最适pH值为7.8～8.2，所以控制好水体中的pH值，有利于有益微生物的生长。