蓝藻是一类诞生于 30 亿年前的、非常古老的光合放氧原核生物（procaryotic organism），又称蓝细菌（cyanobacteria）和放氧细菌（oxyphotobacbter）。蓝藻种类包括单细胞的、非丝状群体的、丝状群体的，细胞内无色素体和真正的细胞核等细胞器，原生质体常分为外部色素区和内部无色中央区。色素区除含有叶绿素 a、2 种叶黄素外， 还含有藻蓝素（C-Phycocyanin，C-PC） 和别藻蓝素（allophycocyanin，APC），部分类群还含有藻红素（C-phycoerythrin，C-PE）和藻红蓝素（phycoerythrocyanin，PEC）；无色中央区主要含有环形丝状 DNA。同化产物主要为蓝藻淀粉。

蓝藻细胞壁由氨基糖和氨基酸组成，单细胞及非丝状类群常具个体或群体胶被，丝状种类的细胞壁外常具胶鞘或胶被。少数营养细胞分化形成异形胞（heterocysts）。异形胞与相邻细胞连接处的细胞壁有“极节”。异形胞的位置和形态是蓝藻分类的重要特征。某些类群细胞内含气囊（gas vesicle），在显微镜下呈黑色、红色或紫色，具有遮光和漂浮的功能。

蓝藻的繁殖方式通常为细胞分裂。丝状类群除细胞分裂外，藻丝还能形成“藻殖段”（hormogonia）。

蓝藻是地面上分布最广、适应性最强的自养生物。蓝藻是新开拓和未开拓地上的最早生物，可生长在各种大小的淡水水体、海洋水体、盐泽地、高山冰川、终年冰冻的南北两极、悬崖峭壁、阴湿土壤和树皮上，甚至在水温高达 85℃的温泉、荒芜贫瘠的沙漠等其他植物难以生存的地方，只要有阳光照射，蓝藻都能生长。水生蓝藻常在含氮量较高、有机质丰富的碱性水体中生长。

夏季、秋季的湖泊中，一些蓝藻（如微囊藻、长孢藻、束丝藻等）大量繁殖并形成水华（water bloom），破坏水体景观，破坏水生态系统结构，从而造成生态灾害。一些产毒产嗅蓝藻种类的生长往往引发难闻的恶臭或者毒害鱼虾螺贝，影响水质感官。

常见蓝藻门种类 2 纲 3 目 6 科 19 属。

铜绿微囊藻

水华微囊藻

鱼害微囊藻

惠氏微囊藻

假丝微囊藻

挪氏微囊藻

史密斯微囊藻

片状微囊藻

色球藻属

隐球藻属

旋折平列藻（M. convolute）

微小平列藻（M. tenuissima）

腔球藻属

泽丝藻属

细鞘丝藻属