金藻门中自由运动种类为单细胞或群体，群体的种类由细胞呈放射状排列成球形或卵形体；不能运动的种类为变形虫状、胶群体状、球粒形、叶状体形、分枝或不分枝丝状体形。运动的种类细胞前端有 1 条、2 条等长或不等长的鞭毛。细胞裸露或在表质覆盖许多硅质鳞片，鳞片具刺或无刺。细胞无色或具色素体，色素体周生，片状，1～2 个；光合作用色素主要由叶绿素 a、叶绿素 c、胡萝卜素和叶黄素组成；常呈金黄色、黄褐色、黄绿色或灰黄褐色。光合作用产物为金藻昆布糖、金藻多糖和脂肪；运动种类具眼点或无，眼点 1 个，位于细胞的前部或中部，具数个液泡，细胞核 1 个。营养繁殖方式为细胞纵分裂，丝状体以丝体断裂进行繁殖。

金藻大多数生长在透明度大、温度较低、有机质含量少的清水水体中，对水温的变化较敏感，常在冬季、早春和晚秋生长旺盛。许多种类因其生长的特殊要求，可被用作生物指示种类，以监测水质、评价水环境。

常见金藻门种类 2 纲 2 目 4 科 4 属。

棕鞭藻属

锥囊藻属

黄群藻属

鱼鳞藻属