现今治理蓝藻的方法主要分为两类，即化学杀藻和生物抑藻，其中生物抑藻又分为以菌抑藻和以藻抑藻。

化学杀藻：

化学杀藻又称药物杀藻是传统的治藻办法，原理就是向水体泼洒特定的药物 ，通过药物中的特定成分作用于藻细胞 ，使藻细胞失去活性而死亡。

e、不能根本治蓝藻，药性消失，蓝藻复发。

生物抑藻：

生物抑藻：分为以菌抑藻和以藻抑藻。

A、以菌抑藻：以菌抑藻就是向蓝藻水体施放具极强活性的人工培育的菌剂，让菌在水中大量繁殖，通过与蓝细菌（蓝藻）竞夺营养与空间环境，或分泌抑菌（藻）物质等手段，从而抑制蓝藻的生长繁殖。用于抑藻的菌剂主要为芽孢杆菌类。

以菌抑藻的优点是：

在菌类大量繁殖的同时，对水体有机物和无机有害化合物的分解转化也在进行，即净化水质。

d、不能根本治藻，等到抑藻菌剂衰弱时，蓝藻又会重新暴发。

B、以藻抑藻：以藻抑藻就是在蓝藻水体施放硅藻、隐藻等单胞藻类的特异性营养剂,使水体营养元素的结构改变利于单胞藻类的生长，从而使单胞藻类大量繁殖，在单胞藻类数量增长的同时，蓝藻数量逐渐减少，最终减少到一个不能暴发的种群范围。