水处理行业中，如今紫外线杀菌消毒的应用领域越来越广，例如：通常我们知道的工艺品上光、印刷行业，电子元件、半导体行业等。而我们今天要谈到的则是在水产养殖方面利用紫外线杀菌消毒这一应用。在通常情况下水产、水族养殖领域，会遇到两个问题：那就是水中水藻的繁殖和鱼类疾病。而绝大多数的水藻及引起鱼类疾病的细菌病毒在强紫外线照射下数秒内即可死亡解体，所以这两个问题都可以通过紫外线杀菌方法得到了很好的解决。
     
在水产水族养殖业，鱼类病也是经常要面对的问题。紫外线对杀灭引起鱼类病的水中细菌十分有效，比如白斑病菌，在紫外线照射下三秒中可以杀死。特别有时候，池塘要新加进去一些鱼，这些新鱼很可能带进鱼塘新的病菌，或者鱼塘要换水，新水中也有可能有病菌，这些情况都要由紫外线系统对水体杀菌。方法和前述处理藻类一样，让水反复循环流过装中，注意要保证水接受紫外线辐射时间不小于3秒，否则杀菌效果会收到影响。同样，可以根据水体大小和环境温度条件，选择紫外线灯的功率和数量。经过紫外线杀菌净化过的水池，99%以上的细菌病毒会被杀死，因此鱼类会很少生病，进而提高养殖产量，对观赏鱼来说洁净无菌的水会使鱼体更加色彩鲜艳。紫外线杀菌器作为池塘水体净化时的效果，还与以下几个方面有关：太阳照射强度，池塘的深度，水面的植物覆盖，当地的气温。另外，只对细菌病毒及其他微生物有杀灭作用，对固体颗粒和无机物的清除要靠过滤系统完成，所以完美的水产水族领域水处理要由紫外线杀菌系统和过滤系统结合在一起完成。
在太阳光或人工光源的照射下，水中藻类如蓝绿藻会大量繁殖，藻类消耗水中氧气养分，进而影响水族的正常生长，紫外线可以解决这个问题。让养殖水反复循环通过，水中藻类在强UVC紫外线辐射下会解体死亡，重组为大的分子链，最终可以被过滤系统过滤。在这个反应过程中，水的流速和的功率选择很重要，在夏天温度高，藻类繁殖快速，水的流速不宜太快，紫外线灯功率要适当高一些，冬天反之。如果达不到水体净化，就要增加紫外线的功率，或者增加灯管的数量，同时水的流速也要适当，流速不能太快，要保证水中藻类接受紫外线辐射的时间。