仅以各种菌种在特定条件下的所属特性和作用，并不能充分保证在变化多端的人工养殖条件下发挥应有的作用。正确认识和使用水产微生态制剂变得十分关键。尽管有益微生物制剂在水产养殖业的应用结果表明其有许多优点，但我们必须分清不同有益菌之间的差别，理清各属特点，才能将有益菌的作用发挥到极致。

许多养殖户对有益微生物菌种一知半解，或受广告夸大宣传的影响，简单地认为使用有益微生物菌种只要向池中泼洒即可，不管是什么菌种的制剂、有何使用要求等，使用上存在着盲目性问题。事实上，因有益微生物菌种是由活菌组成的，其作用的发挥与施用活菌的数量、时间、气候、水质条件等均有直接影响；且只有在水体中增殖到优势种群后才能发挥作用，如果没有形成大的群落或者投入塘中的菌株(或藻种)被鱼虾消耗掉，这种情况下就是"用了白用"，有人用了后没见有效，也许就是这种情况。

另外，不同菌株受环境因子的影响也有所不同。

阴雨天使用光合细菌效果不明显，光合细菌需要光照为宜；

亚硝酸盐和pH偏高的水体，使用芽孢杆菌制剂的效果不明显；

pH值低于7或者高于8.5的水体，以及溶解氧含量低的水体，不利于硝化细菌的生长；

光对硝化细菌的生长，繁殖也有一定的抑制作用，它和光合细菌相反，以不要或微弱光照为宜。

还有一个重要影响因子即溶解氧。水体溶解氧的高低，会影响到好氧菌生长速率和氧化分解污染物的反应效率。目前微生物菌种中，芽孢杆菌多为好氧菌（或兼性），硝化细菌为严格好氧菌，使用含有这类活菌的产品，一定要保持水体足够的溶氧，才能维持细菌快速增殖和对污染物的有效分解。以硝化细菌为例，每毫克氮经过整个硝化作用途径后，由氨转变为硝酸盐大致需要4.57毫克溶解氧来“清除”含氮物质释放的电子，所以保持水体较高的溶氧含量对于硝化细菌是必要的，研究表明，水中溶氧至少大于2毫克/升时，硝化细菌才能进行正常的硝化反应，当溶氧不足时，必须开动增氧机以后施用才有效。

陈昌福教授也认为：有人将微生态制剂鼓吹为能改善养殖水质的“灵丹妙药”，企望通过在养殖池塘中泼洒芽孢杆菌或者光合细菌达到调节池塘养殖环境的目的，甚至是解决水产养殖中所有的问题。其实，无论是芽孢杆菌还是光合细菌，也都只是需要特定生活环境的细菌而已，与其它成千上万种细菌一样，只有在能满足其生理特性需求的环境中才能正常地繁殖与生长，才能发挥其有限的作用。在我国不同地方实施的水产养殖模式、方式、饲养品种和规格、采用的饲料组成和肥料种类均有所不同，这些差别必然会导致养殖池塘的水环境因子千差万别。而任何微生态制剂都是不可能在环境条件千差万别的池塘环境中发挥相同的生理功效的。相反，如果将这种微生态制剂随意地泼洒在池塘中，将有可能导致这些池塘中固有的微生态群落结构发生改变，甚至引起池塘微生态群落多样性的消失，而这是非常有害的。

因此，不同的微生态菌种有着不同的生物学特征，因此，在使用时必须强调个体差异化原则，根据其不同的生物学特性采取相应的管理方法，方为得法。养殖者要尽可能的了解影响微生物制剂效果的各种因素，别以为用了微生态菌种就万事大吉，首要的生产环节重点还是注重品种的合理混养搭配、多开机增氧、勤换水才是维持水生态系统良好的基础，从而为养殖生产创造更大的效益。

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