对人和动植物有致病性的真菌称为病原真菌。水产动物真菌病主要有3种类型：①体表受伤后真菌在受损部位寄生，称为肤霉病，②感染的真菌进人机体使内脏器官产生病变，称为内脏真菌病或全身真菌病。③产毒性真菌污染饲料、造成水产动物中春，称为中毒性真菌病。
1、水霉属和绵霉属

水霉属属鞭毛菌亚门卵菌纲水霉目水霉科，大多数是水生，少数是两栖和陆生。营腐生生活或寄生生活，能引起水生动物类肤霉病。水霉广泛分布于淡水水城中，适温范围广，对水产动物的种类没有选择性，凡是受伤的均可感染，鲑科和鲤科鱼类、黄鳝、河鲈、鳗细、河蛋、鉴、蛙等对水霉都具有易感性、当鱼体表安肤因理化因素，或细菌、病毒和寄生虫等生物因素感染受损伤时，水霉侵人损伤部位，向内外生长繁殖、人侵上皮及真皮组织，产生内菌丝，引起表皮组织坏死。有时可见到菌丝穿过肠壁入侵腹腔后感染肝脏、脾脏、心脏、鳔等内脏器官，引起病鱼死亡，向外生长的菌丝，形成肉眼可见的白色棉絮状物，俗称“白毛病”。由于寄生于体表的霉菌能分泌大量蛋白质分察雾机体受刺激后分泌大量黏液，病鱼开始焦躁不安、食欲减退、游动无力，最后死亡。
绵霉属属水霉目、水霉科，是在水塘中经常出现的附着在鱼类残体上的腐生性真菌，本属中许多真菌，也是水产动物肤霉病病原。绵霉属和水霉属一样能引起鱼类肤霉病，其最适繁殖温度为13－18℃，在此温度下，蛙类、鱼类等体表损伤均可感染发病。

2、鳃霉属

鳃霉属是鲤科鱼类和其他淡水鱼类鳃霉的病原。鳃霉属为寄生菌。草、青、鳙、鲮、黄颗鱼、银鲷等对鳃霉具有易感性，出现以鳃组织梗塞性坏死为特征的烂鳃病。其中鲮鱼苗最为易感，发病率高，死亡率达70％－90％。我国南方各省均有流行。国外报道，血鳃霉主要感染鲤科鱼类和丁岁、鳗鲡等淡水鱼。穿移鳃霉主要感染白斑狗鱼和丁岁。鳃霉通过菌丝产生大量孢子，孢子与鳃直接接触而附着于鳃上，生长为菌丝。菌丝向内不断延伸，钻人鳃血管内生长发育，引起血管堵塞，血流受阻，甚至导致出血和组织坏死；与此同时，菌丝可侵人血管外的鳃瓣上皮组织，引起上皮组织增生，鳃瓣肿大、粘连等。穿移鳃霉的菌丝可在血管内大量繁殖，穿破血管，并向鳃外组织伸展，从而破坏鳃瓣上皮组织。但血鳃霉只在血管内生长，不引起血管和上皮组织的破坏。患鳃霉病鱼鳃呈苍白色，严重时鳃丝遗烂缺损，导致呼吸困难、游动缓慢、失去食欲。该病主要发生于热天，流行高峰季节为5－10月份，往往呈急性病，1－2d内突然暴发，出现大量死亡，尤其在水质不良、池底老化、水中有机质突然增多的养殖池容易发生。

3、镰刀菌属

镰刀菌属属半知菌亚门丝孢纲瘤座孢目瘤座孢科。在自然界广泛分布，种类很多，有些种类是人和动物的病原菌；有些种类可侵染多种作物，引起病害；有些种类存在于粮食和饲料中，使其霉坏变质，产生多种对人和动物健康威胁极大的镰刀菌毒素，引发中毒；一些种类寄生于对虾和鱼类，是对虾、鱼类镰刀菌病的病原。
日本对虾、中国对虾、桃仁对虾、罗氏沼虾和龙虾对镰刀菌均具有易感性。镰刀菌主要寄生在鳃组织内，也寄生在附肢基部、体壁和眼球上，发病初期鳃、附肢，体表等部位出现浅黄色或橘红色块。随着病情发展，色斑变为浅褐色，鳃产生黑色素沉积，使鳃的外观层点状或往状黑色素条纹，严重时鳃呈黑色并发生溃烂，故称“黑鳃病”。病虾呼吸机能受阻，体色转暗，活力差，游动缓慢、反应迟钝、摄食减少，最后静卧池底而死亡，致死率高达90％以上。

4、链壶菌属

链壶菌属是虾、蟹、贝类链壶菌病的主要病原。此外，离壶菌属和海壶菌属也可引起本病。它们均属链壶菌目。链壶菌等霉菌引起的链壶菌病在国内外均很常见，主要危害对虾、龙虾、蟹和贝类等的卵和幼体，尤以蚤状期和糠虾期最为严重。一且感染发病，如不及时治疗，13d内可使全池幼体死亡，受感染的幼体游动不活泼，不摄食，趋光性差，身体逐渐变成灰白色，不透明，体质套弱，不久便会死亡。死亡后的幼体体表也长出绒毛状的菌丝。被感染的卵，体积变小不透明，在橘黄色的整卵团块上生病的卵是褐色，在黑色或褐色的蟹卵团块上生病的卵呈浅灰色，受感染的卵粒不能孵化，幼虾和成虾可以带菌而不出现任何症状，从而构成传染源，造成本病发生与发展。

5、霍氏鱼醉菌

霍氏鱼醉菌属于虫霉目、虫霉科。该菌可引起虹鳟等鱼类的鱼醉菌病。虹鳟、红点鲑、鲱鱼、鳕鱼、鲭、鲐、各种热带鱼及野生海水鱼等对霍氏鱼醉菌都具有易感性。感染途径，一种是通过摄食病鱼或病鱼内脏而引起，另一种为游离的厚壁多核球形体直接或间接地被鱼摄食后而引起感染。霍氏鱼醉菌对组织器官无特殊的选择性，可寄生在肝、肾、脾、心脏、神经系统、胃、肠、生殖腺、肌肉和骨骼等处。而且，因寄生部位的不同，引起的症状也有所不同。其寄生处均形成大小不同、数量很多的灰白色结节。例如，当鱼类神经系统受侵袭时，病鱼失去平衡，游动摇见，运动不正常，因此得名“碎酒病”，侵袭肝脏，可引泡肝肿大，肝脏颜色变淡，并引起周国组织的急剧变化：侵袭生殖腺，则会失去生殖能力。