孢子虫是水产动物寄生原生动物中种类最多、分布最广、危害较大的一类寄生虫，发病季节一般3～10月，主要发病期为5～8月。发病池塘感染率一般为30%～80%，死亡率在20%以上。寄生在鱼类中的孢子虫主要是有四大类：球虫、黏孢子虫、微孢子虫、单孢子虫。孢子虫主要寄生在鱼的咽部、鳃部、鳞囊、肝脏、鳍条、吻部、肠道、肌肉等部位，患病鱼体色发黑，鱼体瘦弱，觅食能力差，浮于近水面，游动缓慢。

孢子虫寄生于鱼体表则出现脓泡状圆形小点，寄生于鱼鳞下则形成孢囊。由于孢囊逐渐增大，病鱼鳞片不同程度的竖起，造成体表肿胀，有的肌肉溃烂；寄生于鳃部则有粘液增多，鳃丝腐烂和肿胀现象。多数种类的孢子虫的寄生部位具有特异性，广大养殖户习惯以孢子虫寄生的部位来命名，如“喉孢”、“肤孢”、“鳃孢”。苗种养殖阶段以“喉孢”和“肤孢”最为常见，也最难防治，死亡率最高。

小小的孢子虫是何来头，竟有如此大的威力。而且用药后的作用差异性较大，有些病情用药后基本没有作用。究其原因主要是因为被孢子虫感染的鱼，在遇到外界刺激后会形成孢囊，孢囊肉眼可见，一旦形成孢囊，药物就难以渗透进包囊内造成杀虫困难。在病情严重时，不管是内服中药还是西药都是事倍功半，效果不甚理想。而且如果内服药量过大时间过长，还可能会加重死亡，影响草鱼等其他鱼类。