1 蓝藻很难消化，造成水体富营养化

在一些营养丰富的水体中，由于难以消化所以很多鱼类不吃。

有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有恶臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”(和海洋发生的赤潮对应)。绿潮引起水质恶化，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。

2 蓝藻水华引起水体生物多样性急剧降低

蓝藻大量繁殖恶化了水中的通风、光照、缺氧；导致水中浮游生物的生长繁殖，从而阻碍水藻的光合作用。

减少了鱼类的生存空间，使与池中的丝状藻和浮游藻等不能合成本身所需要的营养而导致死亡。

3 蓝藻大量繁殖导致水体缺氧，水质变坏

由于缺氧甚至无氧且水质变坏，蓝藻中有些种类(如微囊藻)还会产生毒素(简称MC)，大约50无的绿潮中含有大量MC，MC直接对鱼类产生毒害；而且MC耐热，不易被沸水分解，但可被活性碳吸收，所以可以用活性碳净水器对被污染水源进行净化。

4 氮和磷是藻类生长的主要限制营养元素

另经研究证实，氮和磷是藻类生长的主要限制营养元素，当水体中这两种元素过量增加时，富营养化过程是迅速的；而对淡水水体而言，磷是藻类生长的主要限制因子。

自然界中水体的无机磷来自土壤，不能被生物合成，只能通过生物的转化得到。而氮则有更丰富的来源，其主要存在于大气中，生物可通过固氮来转化氮，蓝藻中许多种类都具有这种固氮能力，因此，蓝藻能够在水体缺氮时从大气中合成有机氮。

5 二氧化碳是蓝藻光合作用生产的主要原料

水体中的二氧化碳是蓝藻光合作用生产的主要原料，大气中的二氧化碳可通过溶解的气体进入水体，蓝藻具有高度浓缩二氧化碳的机制和能力。

6  蓝藻生长的制约因素主要是磷元素

由于碳、氮和磷的来源和利用上的差别，蓝藻生长的制约因素主要是磷元素，只有当磷的浓度合适时，蓝藻水华才会发生，同时这也决定了控制水体中的磷在蓝藻水华和富营养化控制中的实际意义和可操作性。

由于影响蓝藻水华发生的条件还取决于水体的物理条件和生物条件，因此，磷浓度相同的水体不一定都会发生蓝藻水华。