关于参与反硝化作用细菌的描述，也反映出反硝化作用存在多种类型，在此只是从便于表达的角度。

1、自养反硝化与异养反硝化

从营养依赖和消耗的角度，有自养反硝化和异养反硝化之分。传统反硝化过程需要以有机物作为碳源和电子供体，这类反硝化细菌属于异养型细菌。在自养反硝化作用中，以无机物作为电子供体，将硝酸盐还原并从中获取化学能量并用于物质合成。

2、好氧反硝化与缺氧反硝化

传统生物脱氮理论中，反硝化作用在缺氧环境中进行。近年来，不断发现在好氧环境下具有还原硝态氮能力的菌株，能够实现好氧反硝化作用，这些菌株能在好氧条件下同步去除硝酸盐与有机物，并可通过同化或异养硝化作用去除氨氮。目前，关于好氧反硝化机理和理论仍在探索中。同时，一个有趣的问题是，好氧条件如何准确界定？

3、全程反硝化与短程反硝化

传统生物脱氮中反硝化作用，一般指包括从硝酸盐到氮气的全程反硝化过程；所谓短程反硝化，看作全程反硝化作用中的某一段。相较于全程反硝化，短程反硝化所需要的电子供体更少，也必然会减少碳源消耗。目前，在面对大量的C/N比失调废水，尤其是低C/N比废水，短程反硝化作用，优势明显。这类研究，大多集中在两个方面，一是与厌氧氨氧化偶联，通过控制硝态氮还原至亚硝态氮水平，为厌氧氨氧化提供亚硝酸盐来源；二是与短程硝化偶联，将短程硝化产生的亚硝酸盐还原至氮气实现短程硝化反硝化。