水温的高低不但直接影响水产养殖对象的新陈代谢，同时水温通过改变水环境其他要素而间接影响养殖对象的生长。

由于鱼类是变温动物，水温只有达到其生物学上限温度才开始摄食。在适温范围，水温与摄食量成正比。 当水温超过一定值后，随水温的升高，摄食量反而减少。

水温与水产养殖疾病的关系密切。水产养殖动物疾病的发生、流行与水温关系密切，尤其是夏季，常出现热雷雨，使鱼塘残渣加速分解，水中还原物和浮游生物增加，耗氧量大，造成水中缺氧，使鱼类感染疾病，甚至死亡。

一般情况下，水温在25〜35度，久晴不雨时，草鱼出血病流行；当水温 高于28度时，草青鱼肠炎盛行；当水温高于20度时，鱼类烂鳃病开始流行，水温27〜34度时最易发生；水温25〜35度时常出现出血性腐败病；冬季水温低于16度时，罗非鱼肤霉病发生。