菜籽饼蛋白含量约为34%~38%，消费量约占蛋白饲料的12%。豆粕蛋白质含量约为40%~48%，氨基酸组成合理，消费量约占蛋白饲料的63%。普通的菜籽饼含有大量的抗营养因子，菜籽饼含有100多种硫甙及其产物，而菜籽饼含有的游离棉酚等物质对水产动物生长都不利。此外，普通的菜籽饼粕粗纤维含量高，有效能量低，消化利用率低，蛋白含量变异大，氨基酸组成不理想。业界有多种降解菜籽饼有害因子的方法，如化学脱毒法、酶解、物理脱毒法、培育新品种，但由于上述方法缺点明显，难以有效改良菜籽饼营养组成。

化学脱毒易导致化学物残留，而且脱毒范围小、成本高；酶解只能降解某种毒素，针对性较强，纯化效果不一致；物理脱毒效率低，破坏营养成分；目前国内蛋白原料需求紧缺，培育新品种花费的时间太长难解燃眉之急。目前的方法是通过生物菌剂发酵，从而降低菜籽饼的抗营养因子，提高蛋白利用率。菜籽饼经过发酵剂发酵后，粗蛋白含量提高10%~13.5%，小肽含量提高2.91%~403.12%，硫甙降解率达51.3%~84.4%。

发酵方法：把发酵菌液均匀拌菜籽饼和玉米面混合料中，拌到50%左右的湿度。压实密闭发酵，等到发酵料有酸香气味时即可拌料饲喂。夏天发酵3-5天，温度低时发酵时间适当延长7-10天。加水发湿堆放自然发酵也可以。