渔业水域生态环境是水生生物赖以生存、繁衍的最基本条件。水域环境质量的好坏，将直接影响到渔业资源的生存、繁衍和养殖业的发展。我国渔业生态环境总体状况保持良好，但局部渔业水域污染依然严重，使渔业经济面临的生态环境十分恶劣。《2006年中国海洋环境质量公报》(国家海洋局，2007年1月)显示，2006年，我国海域总体污染形势依然严峻。全海域未达到清洁海域水质标准的面积约14.9万km2比2005年增加约1.0万km2其中较清洁海域、轻度污染海域、中度污染海域和严重污染海域面积分别约为51、52 17和29万km2严重污染海域依然主要分布在辽东湾、渤海湾、长江口、杭州湾、江苏近岸、珠江口和部分大中城市近岸局部水域。

近五年间我国未达到清洁海域水质标准的总面积在上下波动中略呈下降趋势，但是我国海洋环境质量并没有好转。因为在未达到清洁海域水质标准总面积下降的表象下，实质是较清洁海域面积的大幅下降、轻度污染海域面积的逐年上升、中度与严重污染海域面积的缓慢上升。五年来，我国全海海水环境质量不但没有得到提升，反而有不断恶化的趋势，这给我国捕捞业、养殖业、育苗业造成了巨大的经济损失，加剧了渔业资源的衰退。据2006年度《中国渔业生态环境状况公报》显示，2006年，中国渔业生态环境状况总体保持稳定，局部渔业水域污染仍比较严重，主要污染物为氮、磷、石油类和铜;2006年全国共发生渔业水域污染事故1463次，污染面积约9.4万hm2造成直接经济损失约2.43亿元;因环境污染造成可测算天然渔业资源经济损失36.43亿元，其中，海洋天然渔业资源经济损失为2788亿元。这表明，我国近岸海域生态系统严重受损，生态环境还在恶化，生物多样性和珍稀濒危物种继续减少，外来物种侵入带来的危害依然存在，破坏海洋生态的违法行为仍然未得到有效遏制。